噴繪機在工作中的問題主要集中在墨水和噴嘴
噴繪機的墨水用量很大，在使用較長時間后，墨水對噴嘴和打印圖像有所影響。噴嘴長時間工作所出現的磨損與墨漬堆積也影響了打印圖像的質量。所以，墨水的正確選用和噴嘴的正確保養，是每位噴繪機用戶在使用中不可忽視的問題。
因此用戶首先應該做好墨水的選擇。墨水的品質可決定打印圖像的質量，也可決定噴嘴的使用壽命。噴繪機墨水的制造是及其復雜的，不管是原裝墨水，還是兼容墨水。只要能滿足連續打印的質量要求即可。因此，對于耗墨較多的噴繪機，我們完全可以選擇“物美價廉”的非原裝優質墨水。其次就是做好設備與噴頭的保養工作。噴頭最容易因打印時間過長、墨水使用不當、或長時間擱置不用而堵塞噴孔。當然使用質量不佳的墨水，也會引起噴孔堵塞而影響打印質量，嚴重時甚至導致整個噴頭報廢。雖然噴頭的制造工藝精細，但其結構并不復雜。與打印介質直接接觸的平面上不滿了許多微小圓孔，噴孔與插入墨盒的噴嘴相連，從噴嘴到噴孔之間以及噴孔四周常常滯留著附著力極強的墨粉或雜質，只要清除了這些墨粉和雜質，噴頭便可恢復正常打印功能。
對于長時間停止使用的噴繪機(比如國慶長假)，最好是將噴繪機整個供墨系統用清洗液清洗后放置，避免噴孔堵塞。大部分看似報廢的噴頭，僅僅是噴孔被堵塞而不能工作，只需簡單沖洗就能恢復其打印功能。對于打印正常，但缺少筆劃或色彩，或高分辨率下圖像模糊這種輕微堵塞情況，一般采用噴繪機自帶的噴孔清洗程序就可以解決。不過，要注意的是，一旦發現缺少筆劃或色彩欠佳等輕微噴孔堵塞時，應及早用清洗程序來清洗。對于打印過程中機器頻繁充墨或清洗噴孔，但打印效果仍然較差或者噴頭嚴重堵塞，機器無法充墨，或噴繪機拒絕工作就只能用手工清洗方法了。手工清洗方法雖不復雜，但因需要拆卸噴頭，清洗次數也不宜過于頻繁。手工清洗方法是使用注射器和可套在針頭上一段橡膠管、清洗液、十倍左右的放大鏡、硬塑料小刀等工具。在取下噴頭，用放大鏡仔細找到被堵塞噴孔的噴嘴，而后用注射器將清洗液注入噴孔，必要時可用硬塑料小刀刮去噴孔邊的殘留物。使用時注意不要將電極部分污染。